眼科疾患は小児から高齢者まで幅広い年齢層が対象で、内科的治療だけでなく外科的治療も必要とし、幅広い医療技能の習得が求められています。藤田医科大学眼科専門研修プログラムでは、以下の眼科医の育成を目指します。

藤田医科大学病院では、幅広い分野の紹介患者があり、平成28年度の手術件数は、3993件（網膜硝子体1502件、白内障2288件、緑内障90件、角膜移植17件、その他　96件）と眼科専攻医が研修すべき、ほぼすべての手術を施行しています。
現在、教授と准教授以外のすべての医局員は3グループ(ABC)に分かれ、外来と病棟の診察を行っています。
専攻医はABCのグループをローテートします。指導医、専門医が属するグループでローテートしている期間中にその専門領域を研修します。
例えば、緑内障の指導医である医師はAグループに属しているので、緑内障症例は主にAグループで診療が行われ、専攻医はAグループに属するときに緑内障の研修を行います。白内障と網膜硝子体疾患は症例が多いため、属するグループに関係なく研修を行います。他科連携についても年間を通して研修します。
研修方法は、眼科病棟および外来をローテートします。各プログラムの疾患の基本について研修を行い、基本的検査、診断技術および処置を習得し、それぞれのプログラムの到達目標を目指します。毎週行っている症例カンファレンスにも参加します。新生児集中治療室での未熟児診療を含め、あらゆる全身疾患に関わる眼症状も研修します。またその中で、他科との連携委員を中心に、他科との連携についても研修します。学会報告や論文作成の機会も豊富にあります。
当院での研修期間中は、こうした活動の機会を得やすいよう配慮しています。

研修を行う専門研修連携施設および研修時期・期間は、専攻医ごとに適宜変更があります。