本プログラムでは、専門研修基幹施設である藤田医科大学病院と、地域の中核病院群（Aグループ：藤田医科大学坂文種報德會病院、名古屋第二赤十字病院）および地域医療を担う病院群（Bグループ：名城病院、豊川市民病院、朝日大学歯学部附属村上記念病院、可児とうのう病院）、計7の研修施設（年間手術合計9444件：内眼手術7718件、外眼手術280件、レーザー手術1446件）において、それぞれの特徴を活かした眼科研修を行い、日本眼科学会が定めた研修到達目標や症例経験基準に掲げられた疾患や手術を経験します。
4年間の研修期間中、1年目か2年目のどちらかを専門研修基幹施設で研修します。1年目は藤田医科大学病院かAグループの病院群のいずれかで研修を行います。Aグループの病院群は症例数が豊富で、救急疾患も多く扱う病院群です。藤田医科大学病院では、希少疾患や難病を経験し、内眼手術の件数、指導医も多いのでこの期間に手術手技の基本を習得します。2年目以降はAグループ、Bグループ、場合によっては藤田医科大学病院で研修します。Aグループを選べば、やや高度な手術をより多く経験することが可能になります。Bグループを選べば、common diseaseをより多く経験することができます。藤田医科大学病院を選べば、眼科内のより専門領域に特化した研修が可能となります。藤田医科大学病院で勤務しながら、藤田医科大学の社会人大学院に進学し、診療・研修を行いながら研究を行うことも可能です。専攻医の希望になるべく沿ったプログラムを構築しますが、いずれのコースを選んでも最終的に研修到達目標に達することができるようにローテーションを調整します。また、専攻医間で格差がつかないような工夫もします。

専攻医は藤田医科大学眼科研修プログラムによる専門研修により、専門知識、専門技能、学問的姿勢、医師としての倫理性、社会性を身につけることを目標とします。

専攻医の評価は、プログラム統括責任者、専門研修指導医、専攻医の3者で行います。専門研修指導医は3か月ごと、プログラム統括責任者は6か月ごとの評価を原則とします。